ઐતિહાસિક સ્ત્રોતોમાં પ્રાચીનકાળથી ગોધરાના ઉલ્લેખો મળે છે. પ્રાચીનકાળથી અત્યાર સુધીમાં ગોધરાના ગોદ્ધહક, ગોદ્દહ, ગોધ્રા અને ગોધરા એવા નામો હતા. ગોધરા મોર્યકાળની સત્તાનો ભાગરૃપ નગર હતું. એ વખતના અવશેષોમાં ગોધરાનો ઉલ્લેખ વિજય છાવણી તરીકે કરવામાં આવ્યો હતો. સલ્તનત કાળ દરમિયાન ગોધરા ગાયો ચરવાની ભૂમિ તરીકે જાણીતું હતું. ચાંપાનેરથી ગોધરા ગાયો ચરવા માટે આવતી હતી એવી લોકવાયકાઓ પ્રચલિત હતી.

વિક્રમ સંવત 1274માં ગોધરામાં ચાલુક્ય વંશનો કણ્વ નામનો રાજા રાજ્ય કરતો હતો. બ્રિટિશકાળ દરમિયાન ગોધરા પ્રસિદ્ધ વિપ્લવકારી તાત્યા ટોપેની પ્રવૃત્તિનું કેન્દ્ર હતું. 20મી સદીની શરૃઆતમાં ગોધરા સ્વાતંત્ર્ય સંગ્રામની પ્રવૃત્તિઓથી ધમધમતું થયું હતું.

ઇ.સ. ૨૦૦૨માં અહીં માનવીઓ ના મોટા ટોળાએ સાબરમતિ એક્સ્પ્રેસ ટ્રેનને આગ ચાંપતા સત્તાવાર રીતે ૫૯ લોકો જીવતા બળી ગયાં હતાં. આ ઘટનાને પગલે ગુજરાત ભરમાં હિંસા ભડકી ઉઠી હતી જેમાં આશરે ૧,૦૦૦થી વધુ લોકોએ જાન ગુમાવ્યા. આ કારણે આજે મિડિયાનાં પ્રતાપે ગોધરાનું નામ દેશ વિદેશમાં જાણીતું થઇ ગયું છે. આ અનિચ્છનીય અને દુખદ ઘટના રહી હતી.આ ઘટના અમાનવીય હતી..